自然资源部第三海洋研究所（简称海洋三所）创建于1959年,是自然资源部直属的国家公益性综合型海洋科学研究机构，主要从事海洋基础研究、应用研究和高新技术研究，促进海洋科技进步，为海洋管理、公益服务、海洋经济发展及海洋安全提供科技支撑。
海洋三所在编职工425人，其中有中国工程院院士1人，享受政府特殊津贴专家3人，福建省特级后备人才1人，国家特支计划青年拔尖人才1人，国家优秀青年科学基金获得者1人，省部级人才计划入选者156人次，厦门市各类人才计划170人次，具有副高级职称以上科技人员263人，具有博士学位人员233人。海洋三所是1984年国务院学位委员会批准的硕士学位授予单位，拥有海洋科学1个一级学科硕士学位授予点和微生物学和环境科学2个二级学科硕士学位授予点，并与清华大学、中国科技大学等高校联合招收博士研究生，在读硕、博士研究生360余人，建有博士后科研工作站，在站博士后11余人。海洋三所重点发展深海生物研究与海洋生物资源开发利用、全球变化与区域海洋响应、海洋生物多样性与生态系统保护、应用海洋学四个学科领域12个研究方向，建有国家野外科学观测研究站1个（与自然资源部南海局共建）、自然资源部重点实验室2个、自然资源部工程技术创新中心1个、福建省重点实验室3个和自然资源部野外科学观测站2个、福建省海洋科学与技术创新实验室1个（与厦门大学共建），以及面向服务经济社会建设为主的厦门海洋工程勘察设计研究院有限公司。在深海微生物研究、海洋生态保护与修复和全球变化等学科领域居全国领先地位，部分成果达到国际先进水平；海洋生物多样性和海气相互作用研究等具有明显优势，部分领域处于全国领先水平；海洋生物资源开发利用技术独具特色，打造集“资源保藏-活性物质挖掘与评价-产品研发-质量控制-中试放大-成果转化”为一体的产业技术开发平台，一批专利实现成果转化，在国内处于先进水平；在台湾海峡、南海等区域海洋学研究方面研究成果突出，海洋声学等领域在国内具有一定的学科优势。经过60多年的发展，海洋三所取得了一系列重要科技成果，已经成为我国海洋科学研究的重要力量，在国际上具有一定的知名度，为我国海洋科技发展、海洋综合管理、海洋经济发展、海洋权益维护和海洋生态文明建设做出了重要的贡献。
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